كما هو الحال في كل العمليات الجراحية فانه ممكن المكن رؤية بعض المضاعفات بعد عملية الاحليل التحتي. بسبب التطور في آلية التخدير ومواد العمليات والمواد المستخدمة في العملية فان معدل نجاح هذه العمليات ارتفع جدا ولكن على رغم من هذا الا انه من الممكن رؤية بعض المضاعفات ومنها:
- الناسور: وهي من اكثر المضاعفات التي يمكن رؤيتها بعد العملية. وهو اي ثقب تهريب يمكن ان يحدث على طول القضيب بعد اعادة تشكيل ثقب البول في القضيب ( مثل خرطوم الماء الذي يوجد في الحديقة ) يتم معالجته بعمل جراحي ويجب الانتظار مدة 6 اشهر بعد العملية الاولى للقيام بمعالجته.
- ضيق اللحم: وهو حدوث ضيق في ثقب البول الجديد الذي يتم تكوينه في العملية. في بعض الحالات تختفي هذه الحالة من تلقاء نفسها وفي بعض الحالات تحتاج الى عمل جراحي. يتم التوسيع مباشرة مجرد اجراء التشخيص ويستمر بعض الاحيان الى 3 اشهر.
- انفتاح مجرى البول الجديد بشكل كامل: هي حالة نادرة ويجب الانتظار 6 اشهر للقيام بعملية اخرى للمعالجة منها.
- اسمترار الاعوجاج في القضيب: في بعض الحالات يستمر الاعوجاج بالقضيب نتيجة عدم تصحيح الانحناء بشكل كامل او التئام الجلد بشكل سيء في فترة التعافي ( اثر الانسجة )