Her ameliyatta olduğu gibi, hipospadias ameliyatı sonrasında da bazı komplikasyonlar görülebilir. Modern anestezi teknikleri, ameliyat aletleri, cerrahi iplikler vb nedeniyle hipospadias onarımlarında başarı oranları oldukça artmıştır. Buna rağmen görülebilecek komplikasyonlar:
- Fistül: En sık görülen cerrahi sonrası komplikasyondur. Yeni oluşturulan idrar deliği boyunca herhangi bir yerden idrar kaçağı olmasıdır (bahçe hortumundaki delik gibi). Tedavisi deliğin cerrahi olarak kapatılmasıdır. Bu ameliyat için, ilk ameliyattan sonra en az 6 ay geçmesi beklenir.
- Meatal stenoz: Yeni oluşturulan idrar deliğinin daralmasıdır. Bazı olgularda dilatasyonla geçerken, bazı olgularda cerrahi gerektirir. Dilatasyon, tanı konulduğu anda başlanır ve bazen 3 aya kadar sürer.
- Yeni yapılan idrar yolunun tamamıyla açılması: Nadiren de olsa görülen bir komplikasyondur. Bu gibi olgularda ilk ameliyattan sonra en az 6 ay beklenir. Ya tekrar tek seansla idrar yolu oluşturulur yada iki seanslı ameliyata gereksinim duyulur.
- Yeni oluşturulan idrar deliğinin tamamen kapanması: Çok nadir görülür. Bu olgularda en az 6 ay beklendikten sonra iki seanslı cerrahi planlanır.
- Peniste eğriliğin devam etmesi: Bazı durumlarda penisteki eğriliğin tam olarak düzeltilememesi ya da iyileşme döneminde cildin kötü iyileşmesi sonucu (skar dokusu) penis eğriliğine sebep verebilir.